En un futuro lejano, se descubre una hormona psiónica en el cerebro humano que otorga a las personas unos poderes extrasensoriales que cambian el mundo tal y como lo conocemos.
Cuando la humanidad entra en esta nueva era, unos mutantes enajenados conocidos como Alter comienzan a caer del cielo, ávidos de cerebros humanos. Debido a su alta resistencia a los métodos de ataque convencionales, hicieron falta medidas extremas para combatir semejante amenaza y proteger a la humanidad.
Los psiónicos, poseedores de potentes habilidades extrasensoriales, eran nuestra única esperanza contra esta invasión de las alturas. Aún hoy se reclutan psiónicos con talento para que se unan a las Fuerzas de Supresión de Alter (FSA), la última línea de defensa de la humanidad.
Ponte en la piel de Yuito Sumeragi, un nuevo recluta de las FSA que quiere convertirse en un psiónico de élite como el que lo salvó cuando era niño. Explora la ciudad futurista de Nueva Himuka con tus poderes psicoquinéticos y descubre los misterios de un futuro brain punk donde se mezclan tecnología y habilidades psíquicas en SCARLET NEXUS.